前者遵循《企业法》，后者遵循《公司法》；前者运行过程中容易出现所有权、决策权和经营权不明晰的情况，后者按照《公司法》注册，公司所有权、决策权和经营权分离，权责明晰；前者注重隶属关系，后者注重现代产权制度，建立明确的以资产为纽带的现代国有产权管理体系。

还有遴选委员透露，面谈的时候，管中闵曾表示，“台大既然是大学中的老大，还跟小弟争钱抢资源，成何体统？也无法服众！”他还表示以后如果当上台大校长，“不会做这种事”，非常霸气，多位委员认为台大现在萎靡不振，真的需要强势校长。

《两部门：小额政府采购项目原则上全预留给中小企》2013年年底，管中闵在面对“立委”欲删其年终奖金时表示“爷们没在怕”，被台湾媒体称之为“管爷”。